Para garantir os princípios da democracia, da participação, da transparência na sua gestão, a MALUNGU tem uma estrutura descentralizada composta pela Assembléia Estadual, o Conselho Diretor, a Coordenação Executiva e as Assembleias e Conselhos Regionais. Um grande passo dado pela MALUNGU para interagir com as lideranças que estão na base do movimento quilombola foi a constituição em 2008 dos cinco Conselhos Regionais, tendo como principal objetivo fortalecer as ações da MALUNGU através da consolidação de elos entre as comunidades quilombolas.